სარკინიგზო უსაფრთხოების წესის შესრულებაზე ზედამხედველობას ახორციელებს სააგენტო. 

უსაფრთხოების სერთიფიკატის/ავტორიზაციის გაცემის შემდეგ, სააგენტო ახორციელებს საზედამხედველო პროცესს სარკინიგზო საწარმოსა და ინფრასტრუქტურის მენეჯერის, მათ შორის მისასვლელი ლიანდაგის მფლობელისთვის. 

ზედამხედველობა წარმოადგენს თანმიმდევრულ და უწყვეტ პროცესს - მოქმედებების ერთობლიობას, რომლის მიზანს წარმოადგენს სარკინიგზო საწარმოებისა და ინფრასტრუქტურის მენეჯერების მიერ სარკინიგზო უსაფრთხოების უზრუნველყოფის მიზნით სარკინიგზო უსაფრთხოების წესით დადგენილი ვალდებულებების მუდმივი შესრულების და უსაფრთხოების მართვის სისტემის ეფექტურობის შემოწმება, რომელიც ხორციელდება, გეგმიური და არაგეგმიური ინსპექტირების გზით.

ზედამხედველობის მიზნებია: 

- სამართალდარღვევათა პრევენცია; 

- ზედამხედველობის ობიექტის მიერ საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილ მოთხოვნათა შესრულების კონტროლი; 

- საქართველოს კანონმდებლობით განსაზღვრული სხვა გარემოებების დადგენა.

ზედამხედველობა ხორციელდება სააგენტოს მიერ სარკინიგზო საწარმოსათვის უსაფრთხოების სერტიფიკატის, ხოლო ინფრასტრუქტურის მენეჯერებისათვის, მათ შორის მისასვლელი ლიანდაგის მფლობელებისთვის უსაფრთხოების ავტორიზაციის გაცემის შემდეგ. 

ზედამხედველობის უზრუნველყოფის მიზნით სააგენტო ამოწმებს და აფასებს სარკინიგზო საწარმოს და ინფრასტრუქტურის მენეჯერის მხრიდან რამდენად ეფექტურად სრულდება უსაფრთხოების მართვის სისტემა. 

ზედამხედველობას შეიძლება დაექვემდებაროს სარკინიგზო საწარმოსა და ინფრასტუქტურის მენეჯერის მფლობელობაში არსებული ტექნიკური საშუალებები, შენობა-ნაგებობები, სარკინიგზო მოძრავი შემადგენლობები, რკინიგზის უსაფრთხოებასთან, ექსპლუატაციასთან და ტექნიკურ მომსახურებასთან დაკავშირებული პერსონალი.

სააგენტო უფლებამოსილია ჰქონდეს წვდომა ყველა შესაბამის დოკუმენტთან და აგრეთვე ინფრასტრუქტურის მენეჯერების, სარკინიგზო საწარმოების და ტექნიკურ მომსახურებაზე პასუხისმგებელი პირების შენობა-ნაგებობებზე, დანადგარებსა და აღჭურვილობაზე.

საქართველოს სარკინიგზო კოდექსით გათვალისწინებული სარკინიგზო უსაფრთხოების წესის დარღვევა − გამოიწვევს იურიდიული პირის დაჯარიმებას 10 000 ლარის ოდენობით, ხოლო იგივე ქმედება, ჩადენილი განმეორებით ერთი წლის განმავლობაში, − გამოიწვევს დაჯარიმებას 20 000 ლარის ოდენობით.